便攜式基因組測序裝置有助監(jiān)控疫情
本周出版的英國《自然》雜志上發(fā)表的一項傳染病學研究論文,描述了一個可以被裝入行李箱并運輸?shù)浆F(xiàn)場使用的埃博拉病毒基因組測序監(jiān)測系統(tǒng),這個系統(tǒng)在收集樣本后24小時內(nèi)就可以得出結果。該論文還介紹了在西非幾內(nèi)亞最近的埃博拉疫情中成功使用這個系統(tǒng)進行實時監(jiān)測疫情的案例。
在監(jiān)控疫情方面,病毒基因組測序獲取的信息有助于了解病毒在大規(guī)模傳播過程中出現(xiàn)了何種變異,這對判斷疫情發(fā)展趨勢非常重要。但由于病毒傳播速度快,如何更快、更高效地完成相關分析流程就成為關鍵。
英國伯明翰大學的尼古拉斯·羅曼和他的研究團隊此次開發(fā)的基因組監(jiān)測系統(tǒng),使用的是一個重量小于100克的DNA測序裝置,可以用標準的航空行李運送,也可以插入筆記本電腦的USB接口。研究團隊使用該系統(tǒng)測序分析了142個從2015年3月份到10月份收集的埃博拉病毒樣本。研究人員發(fā)現(xiàn),他們可以在24小時內(nèi)得到分析結果,測序過程只需要不到一小時。
在去年埃博拉肆虐期間,該系統(tǒng)曾被率先部署在西非國家?guī)變?nèi)亞的一個疫區(qū)。研究人員在埃博拉患者身上收集到樣本后,在現(xiàn)場利用這個系統(tǒng)進行病毒基因組測序,無需再把這些樣本長途運回實驗室。
研究團隊認為,這一系統(tǒng)顯示出在資源缺乏的情況下進行實時基因組監(jiān)控是可行的,并且該設施可以被迅速建立起來以便監(jiān)測疫情。
報告作者之一、伯明翰大學學者尼克·洛曼說,基因組測序反映的信息在疫情暴發(fā)期間對研究人員來說非常重要,以往這項繁瑣工作只能在配備大型設備的實驗室里才能完成,而便攜式測序裝置有望改變這種狀況。